اولین هواپیماهایی که در شرکت هواپیمایی فارس ایر قشم اقدام به عرضه خدمات مسافری و باربری کرده اند، هواپیماهای یاک ۴۲ بودند. در سال ۱۳۸۷ نیز هواپیماهای جدید مک دانل داگلاس یا MD به این گروه نیز پیوست و جلوه ی تازه ای به خدمات این شرکت هواپیمایی ارائه کرد.
در طی سال های اخیر در ناوگان هوایی زاگرس ۴ عدد فروند هواپیما در حال عرضه خدمات به مسافرین می باشد و امکاناتی از جمله خرید بلیط هواپیما خارجی و داخلی را در اختیار مسافران قرار داده است. در این ناوگان هوایی از نام دو برند معتبر هواپیمایی استفاده شده است، که عبارتند از: هواپیماهای ایرباس و مک دانل داگلاس٫ قابل ذکر است که این شرکت هواپیماهای خود را به همین تعداد محدود نکرده و در سال های اخیر ۳ عدد هواپیمای دیگر را هم سفارش داده است و ارتقا کیفیت و ارائه خدماتی جدید تر را در دستور کار قرار داده است.
جزئیات کامل و جامع تر ناوگان هوایی فارس ایر قشم به شرح زیر می باشد: